Der gesamte Innenraum wurde jedoch im 18. Jahrhundert
dem Geschmack der Barockzeit entsprechend stuckiert und ausgemalt.
Um eine Kuppel und eine Schaufassade zum Kürschnerhof zu gewinnen,
wurde der Westchor abgerissen. Bis heute weiß man nicht sicher, wer
die nach römischen Vorbildern errichtete Fassade entworfen hat.
Jedenfalls ist sie in ihrer dynamischen Kurvierung eine der
spektakulärsten Kirchenfassaden des süddeutschen Barock. Die Kuppel
erhebt sich über dem Grab der Frankenapostel Kilian, Kolonat und
Totnan und ist deshalb Ziel der volkstümlichen Kilianswallfahrten im
Sommer. Der Kirchenraum ist kontrastreich mit alter und neuer Kunst
ausgestattet.
So finden sich hier Arbeiten von Riemenschneider oder
Gemälde und Stuck der Gebrüder Zimmermann (Wieskirche) genauso wie
zeitgenössische Arbeiten von Hann Trier, Markus Fräger oder Michael
Triegel. Im romanischen Kreuzgang befindet sich das Grab des
Minnesängers Walter von der Vogelweide. Wegen der dort herrschenden
Stille wird der Ort Lusamgarten genannt, Garten der Muße.